OBJETIVO: Os Marcadores Indicativos de Ancestralidade (AIMs) são usados para definir a frequência alélica de genes de diferentes grupos étnicos em populações de determinadas localidades de interesse, para análise de ascendência populacional e estimativa de mistura étnica. Este trabalho teve como objetivo avaliar a freqüência de AIMs (SB-19.3, APO, AT3 / ID e PV-92) e verificar a existência de polimorfismos para esses marcadores no estado de Mato Grosso. MÉTODO: O estudo teve como objetivo estimar as freqüências alélicas e genotípicas, a aderência ao equilíbrio de Hardy-Weinberg e a diferenciação genética na amostra de controles formada por indivíduos residentes em vinte e seis municípios do estado, coletados no Hospital Universitário Júlio Muller e em uma amostra de pacientes HIV positivos também residentes no estado. RESULTADOS: O teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg revelou um desequilíbrio entre as proporções observadas e esperadas dos loci Sb19.3 e APO na população de controle. Aplicando o teste de diferenciação genética, a população controle e os pacientes HIV positivos diferenciaram-se para os quatro loci analisados. CONCLUSÃO: A população do estado de Mato Grosso mostrou-se heterogênea, confirmando hipóteses sobre sua história de colonização. A população controle e os pacientes HIV positivos diferenciaram-se para os quatro loci analisados.

OBJECTIVE: Ancestry Indicative Markers are used to define the allelic frequency of genes from different ethnic groups in populations of certain localities of interest, for analysis of population ancestry and estimation of ethnic mixture. This work aimed to evaluate the frequency of occurrence of the ancestry Indicative Markers SB-19.3, APO, AT3 / ID and PV-92 and to determine the existence of polymorphisms for these markers in the state of Mato Grosso. METHOD: The study aimed to estimate allelic and genotype frequencies, adherence to the Hardy-Weinberg equilibrium and genetic differentiation in the sample of 238 controls formed by HIV free individuals residing in twenty-six different municipalities in the state, collected at the Júlio Muller University Hospital and in a sample of 516 HIV-positive patients also residing in the state. RESULTS: The Hardy-Weinberg equilibrium test revealed an imbalance between the observed and expected proportions of Sb19.3 and APO loci in the control population. Applying the genetic differentiation test, control populations and HIV-positive patients differed for the four loci analyzed. CONCLUSION: The population of the state of Mato Grosso, Brazil proved to be very heterogeneous, confirming hypotheses about its history of colonization. Control populations and HIV-positive patients differed for the four loci analyzed.